No soy un experto, pero acabo de agregar nuevos sitios a mis "Sitios de software disponibles" (ayuda -> instalar nuevo software -> Sitios de software disponibles)
http://download.eclipse.org/releases/juno
http://download.eclipse.org/tools/cdt/releases/juno
y actualizado (ayuda -> instalar actualizaciones).
Después de la actualización
http://download.eclipse.org/eclipse/updates/4.2
se había agregado se
http://download.eclipse.org/eclipse/updates/3.7
había deshabilitado se
http://download.eclipse.org/tools/cdt/releases/indigo
había deshabilitado
tal vez otros cambios que no noté.
Todo parece funcionar como se esperaba, la lista de proyectos permanece, las perspectivas permanecen, lo único que no se conservó parecían ser las pestañas del editor que estaban abiertas en el espacio de trabajo, pero eso es una pequeña pérdida. Así que, con suerte, esa fue la manera correcta de hacerlo, a menos que alguien quiera decirme lo contrario.
Alan