La respuesta a la pregunta depende de si:
Desea eliminar el primer Y SOLO confirmar en una rama (mientras deja otras ramas como estaban), o si
Desea eliminar la primera confirmación en alguna rama, mientras 'deja en su lugar' las confirmaciones posteriores (y las otras ramas).
El segundo de estos es relativamente más simple. Esencialmente, debe volver a basar la raíz: la mayoría de las respuestas aquí son sobre formas de hacerlo.
Hacer lo segundo (eliminar el primer y único commit de una rama mientras se dejan otras ramas solas) es más difícil. O, al menos, especialmente más difícil si quieres que suceda y que el cambio se refleje en GitHub o Bitbucket. No hay (por lo que puedo decir) ninguna manera en Git para empujar o forzar empujar una rama sin compromisos. Y tampoco hay (de nuevo, por lo que puedo ver) ninguna forma de crear una nueva rama vacía sin compromisos en GitHub o Bitbucket. Por lo tanto, esencialmente debe crear un nuevo repositorio para crear una rama completamente vacía, y luego volver a agregar las ramas que desee (incluidas las confirmaciones que desee), según la respuesta de @ user1338062.
Así que espero que esta respuesta aclare lo que podría no haber sido obvio: que hay dos enfoques diferentes que deben tomarse, para dos escenarios diferentes (más o menos razonables) que son las dos cosas que es posible que desee hacer, en orden dominar completamente lo que pide el OP.