No estoy seguro de que pueda excluir paquetes explícitamente con un <exclude-filter>, pero apuesto a que usar un filtro de expresiones regulares lo llevaría efectivamente allí:
<context:component-scan base-package="com.example">
<context:exclude-filter type="regex" expression="com\.example\.ignore\..*"/>
</context:component-scan>
Para que esté basado en anotaciones, anotaría cada clase que desea excluir para las pruebas de integración con algo como @ com.example.annotation.ExcludedFromITests. Entonces el escaneo de componentes se vería así:
<context:component-scan base-package="com.example">
<context:exclude-filter type="annotation" expression="com.example.annotation.ExcludedFromITests"/>
</context:component-scan>
Eso es más claro porque ahora ha documentado en el propio código fuente que la clase no está destinada a incluirse en un contexto de aplicación para pruebas de integración.