Parece que falta una respuesta aquí para aquellos que usan SSH para conectarse a su base de datos MySQL. Debe marcar dos lugares, no 1, como sugieren otras respuestas:
Workbench Editar → Preferencias → Editor SQL → DBMS
Workbench Editar → Preferencias → SSH → Tiempos de espera
Mis tiempos de espera de SSH predeterminados se establecieron muy bajos y causaron algunos (pero aparentemente no todos) de mis problemas de tiempo de espera. Después, ¡no olvide reiniciar MySQL Workbench!
Por último, puede valer la pena contactar a su administrador de base de datos y pedirles que aumenten las propiedades wait_timeout & interactive_timeout en mysql a través de my.conf + mysql restart o haciendo un conjunto global si reiniciar mysql no es una opción.
¡Espero que esto ayude!
DBMS connection read time out
campo solo acepta hasta 5 cifras, y establecer el campo en 0 es equivalente al parámetro predeterminado (600 segundos). (Windows 7 64-bit Ultimate, MySQL Workbench 5.2.47 CE)