Me gustaría eliminar por completo las etiquetas de las facetas para crear una especie de efecto de minigráfico , ya que para la audiencia las etiquetas son irrelevantes, lo mejor que se me ocurre es:

library(MASS)
library(ggplot2)
qplot(week,y,data=bacteria,group=ID, geom=c('point','line'), xlab='', ylab='') + 
     facet_wrap(~ID) + 
     theme(strip.text.x = element_text(size=0))

Entonces, ¿puedo deshacerme del strip.background (ahora en blanco) por completo para permitir más espacio para los "minigráficos"?

O alternativamente, ¿hay una mejor manera de obtener este efecto de " minigráfico " para una gran cantidad de series de tiempo con valores binarios como esta?

Para ggplot v2.1.0 o superior, use element_blank()para eliminar elementos no deseados:

library(MASS) # To get the data
library(ggplot2)

qplot(
  week,
  y,
  data = bacteria,
  group = ID,
  geom = c('point', 'line'),
  xlab = '',
  ylab = ''
) + 
facet_wrap(~ ID) + 
theme(
  strip.background = element_blank(),
  strip.text.x = element_blank()
)

En este caso, el elemento que está intentando eliminar se llama strip.

Alternativa usando el diseño ggplot grob

En versiones anteriores de ggplot(antes de v2.1.0), el texto de la tira ocupa filas en el diseño de gtable.

element_blank elimina el texto y el fondo, pero no elimina el espacio que ocupaba la fila.

Este código elimina esas filas del diseño:

library(ggplot2)
library(grid)

p <- qplot(
  week,
  y,
  data = bacteria,
  group = ID,
  geom = c('point', 'line'),
  xlab = '',
  ylab = ''
) + 
facet_wrap(~ ID)

# Get the ggplot grob
gt <- ggplotGrob(p)

# Locate the tops of the plot panels
panels <- grep("panel", gt$layout$name)
top <- unique(gt$layout$t[panels])

# Remove the rows immediately above the plot panel
gt = gt[-(top-1), ]

# Draw it
grid.newpage()
grid.draw(gt)

Estoy usando ggplot2 versión 1 y los comandos requeridos han cambiado. En vez de

ggplot() ... + 
opts(strip.background = theme_blank(), strip.text.x = theme_blank())

ahora usas

ggplot() ... + 
theme(strip.background = element_blank(), strip.text = element_blank())

Para obtener más detalles, consulte http://docs.ggplot2.org/current/theme.html

La respuesta actualizada de Sandy parece buena pero, ¿posiblemente se haya vuelto obsoleta por las actualizaciones de ggplot? Por lo que puedo decir, el siguiente código (una versión simplificada de la respuesta original de Sandy) reproduce el gráfico original de Sean sin ningún espacio adicional:

library(ggplot2)
library(grid)
qplot(week,y,data=bacteria,group=ID, geom=c('point','line'), xlab='', ylab='') + 
 facet_wrap(~ID) + 
 theme(strip.text.x = element_blank())

Estoy usando ggplot 2.0.0.

Por lo que puedo decir, la respuesta de Sandy es correcta, pero creo que vale la pena mencionar que parece haber una pequeña diferencia entre el ancho de una trama sin facetas y la anchura de una trama sin las facetas.

No es obvio a menos que lo esté buscando, pero si apila gráficos con los diseños de ventana gráfica que Wickham recomienda en su libro, la diferencia se hace evidente.