Esto es algo con lo que he luchado también. Por un lado, quiero personalizar altamente el archivo variables.less con mis propios colores y configuraciones. Por otro lado, quiero cambiar los archivos Bootstrap lo más posible para facilitar el proceso de actualización.
Mi solución (por ahora) es crear un archivo LON addon e insertarlo en el bootstrap.less
archivo después de importar las variables y mixins. Entonces algo como esto:
...
// CSS Reset
@import "reset.less";
// Core variables and mixins
@import "variables.less"; // Modify this for custom colors, font-sizes, etc
@import "mixins.less";
// Custom Addons
@import "addon-file.less"; // <--- My custom LESS addon
// Grid system and page structure
@import "scaffolding.less";
...
De esta manera, si quiero restablecer los colores de Bootstrap, las fuentes o agregar mixins adicionales, puedo. Mi código está separado pero se compilará dentro del resto de las importaciones de Bootstrap. No es perfecto, pero es un recurso provisional que me funcionó bien.