Si su versión de git es> = 1.6.1, puede usar git reset --merge.
Además, como menciona @Michael Johnson, si su versión de git es> = 1.7.4, también puede usarla git merge --abort.
Como siempre, asegúrese de no tener cambios sin confirmar antes de comenzar una fusión.
Desde la página de manual de git merge
git merge --abortes equivalente a git reset --mergecuando MERGE_HEADestá presente.
MERGE_HEAD está presente cuando hay una fusión en curso.
Además, con respecto a los cambios no confirmados al iniciar una fusión:
Si tiene cambios que no desea confirmar antes de comenzar una fusión, solo git stashellos antes de la fusión y git stash popdespués de terminar la fusión o cancelarla.