Tuve un problema similar, pero las otras respuestas no solucionaron mi problema. Pensé en seguir adelante y publicar esto en caso de que alguien más tenga una configuración complicada como yo.
Resulta que tenía varias claves y Git estaba usando la incorrecta primero. Me solicitaría mi frase de contraseña, y la ingresaría, luego Git usaría una clave diferente que funcionaría (que no necesitaba ingresar la frase de contraseña).
¡Acabo de eliminar la clave que estaba usando para solicitarme una frase de contraseña y ahora funciona!