Siempre que vea una imagen en un valor distinto al 100%, debe aplicarse algo llamado filtro para producir los píxeles que ve en la pantalla a partir de los píxeles de la imagen.
Los diferentes filtros tienen diferentes propiedades y rendimiento. Algunas hacen que las imágenes se vean más nítidas, algunas menos, algunas funcionan mejor para agrandar, otras para reducir. Existen fácilmente docenas de dichos filtros (con variaciones) y el tiempo que lleva aplicarlos varía.
Varias aplicaciones como Geeqie le permiten especificar qué filtro aplicar como compromiso entre calidad y rendimiento. Cuando cambia el tamaño (AFAIK no para hacer zoom) y la imagen en Photoshop también hay varias opciones que puede probar para ver las diferencias. Las máquinas modernas también pueden usar la tarjeta gráfica (GPU) para realizar filtros sofisticados extremadamente rápido. Solo algunos programas aprovechan esto (si la máquina puede hacerlo), pero cada vez más lo hacen.
Entonces, para responder a su pregunta, MS Paint parece estar usando un filtro con propiedades de nitidez en su sistema. Tenga en cuenta que cosas como la nitidez y la reducción de ruido también son tipos de filtros, la única diferencia es que producen la misma cantidad de píxeles que obtienen.