En realidad, la lente influye en el enfoque de dos maneras:
1) La velocidad con la que enfoca (velocidad de su motor)
2) La cantidad de luz que reúne (vinculada a la parada f)
Obviamente, cuanto más rápido sea el motor de enfoque y más luz acumule una lente, más rápido se enfocará. Pero la confirmación del enfoque y la búsqueda también dependen de la cámara que use, lo que puede generar inconsistencias entre varias combinaciones de cámara + lente.
Puede colocar una lente Nikkor 24-70 f2.8 (lente malditamente rápida) en una D40 que tiene aproximadamente 3 puntos de enfoque automático y un sistema de enfoque relativamente simple, y aún así enfocará bastante rápido; SIN EMBARGO, probablemente no obtendrá el enfoque correcto todo el tiempo, debido a la naturaleza simplista del sistema de enfoque automático de la cámara.
Si coloca la misma lente en una D300s o superior, que probablemente tenga más de 50 puntos de enfoque automático y un procesador / sistema mucho mejor para utilizarlos, obtendrá unos mucho menos enfocados.
Respondiendo a su pregunta: las lentes AF (Nikon) son lentes sin motor de enfoque automático, enfocan girando un tornillo en el soporte de la lente: la cámara hace todo esto, y solo los modelos semi-pro o superiores lo hacen (d90 o mejor). Las lentes AF-S tienen un motor incorporado, se enfocan automáticamente en todas las cámaras modernas, incluso las más baratas.
No sé las diferencias precisas entre el rendimiento de estos dos tipos de lentes, pero como los lentes más nuevos y más caros tienen motores AF-S dedicados, supongo que un motor de enfoque dedicado mejora el rendimiento.