Consulte este enlace de Adobe que describe cómo alinear capas automáticamente.
Al final dicen
"Después de la alineación automática, puede usar Editar> Transformación libre para ajustar la alineación"
Si realmente debe alinear las imágenes manualmente, aquí hay una manera efectiva de hacerlo.
Suponiendo que sus imágenes se cargan como capas, oculte todas las capas excepto dos. Una capa debe tener el modo normal. Establezca la otra capa en modo diferencia. Ahora, si las imágenes están perfectamente alineadas, todo lo que verá será una imagen en negro puro. Si no están alineados correctamente, verá la diferencia entre las imágenes. Use las teclas del cursor para cambiar la imagen superior hasta que tenga negro puro o hasta que haya minimizado la imagen de diferencia visible.
Repita según sea necesario hasta que todas las imágenes estén alineadas.