Como fotógrafo, soy 'independiente de la cámara' y uso los sistemas Canon y Nikon a diario, por lo que tengo experiencia en el mundo real con ambos sistemas. Los sistemas de estabilización Canon y Nikon están diseñados para realizar la misma función (estabilizar la imagen del movimiento de la cámara de mano), y lo hacen de la misma manera (un elemento flotante dentro de una lente manipulada electromagnéticamente). En mi experiencia, no hay una diferencia apreciable entre los dos sistemas.
Para abordar su pregunta adicional, las 'reglas' de Thom Hogan, como se describe en el artículo citado, se aplicarán igualmente bien al sistema IS de Canon y son más o menos lo que les enseño a mis alumnos sobre la estabilización de imagen (aunque algunos de mis alumnos probablemente dirían que el artículo de Thom es más conciso que algunas de mis divagaciones explicativas).
En pocas palabras: no haga de IS o VR el 'factor decisivo' si está en el proceso de 'ir a Canon' o 'ir a Nikon', para todos los efectos, los sistemas son equivalentes en funcionalidad, características y operación.