El primer flash es parte del sistema eTTL. La cámara lo está usando para establecer la exposición. Si cambia al modo de flash manual, no sucederá (pero tendrá que arreglar la exposición usted mismo). Este flash inicial ocurre antes de que se abra el obturador y no afecta la exposición, sino que se usa para medir la luz como parte de la medición procesada.
También debe tener en cuenta que incluso cuando no usa la sincronización de segunda cortina, pero aún usa eTTL, el flash se dispara dos veces, pero el retraso entre los flashes es mucho más corto, por lo que no lo está viendo.