Horquillado ISO
Esto creará imágenes con diferentes cantidades de ruido en ellas. Yo llamo a este grano, otros simplemente lo llaman ruido. Dependiendo del rango ISO que esté utilizando, puede causar o no problemas al hacer esto. Más alto en el rango, si combina diferentes áreas de una imagen entre corchetes ISO, verá diferentes perfiles de ruido y eso puede ser indeseable.
Horquillado de obturador
Esto le dará imágenes tomadas por diferentes cantidades de tiempo. Esto podría darle problemas si le preocupa la velocidad debido al movimiento en la imagen, como si un automóvil o una persona están en la toma. También puede causar problemas si sostiene la cámara con la mano. Si la velocidad de obturación se vuelve tan lenta que introduces desenfoque en el disparo de los movimientos de tu mano, entonces eso sería una preocupación.
Recomendación
No llamaría a una solución mejor o peor, todo depende de la situación y de cuál es su salida deseada. Si ya está en un rango ISO bajo, el horquillado tendrá algunas desventajas. Si ya está en un rango de velocidad de obturación rápida, el horquillado tendrá pocas desventajas. Es cuando estás en los límites superiores de cada uno que tienes que elegir con qué compensaciones te sientes cómodo.