Es posible eliminar el CFA (matriz de filtro de color) pero extremadamente difícil. Hay al menos una compañía que lo hará (Maxmax, como afirma asalamon74). Hacer esto es completamente innecesario para la conversión IR, de hecho, una de las cosas que me gustan de la fotografía IR es jugar con los colores débiles que resultan, lo que requiere el CFA.
En cuanto a por qué querrías eliminarlo ... sensibilidad. Cada uno de los filtros de color filtra aproximadamente dos tercios de la luz entrante. Quitarlos le daría una cámara en escala de grises que es 1.6 paradas más sensible, por lo que donde tendría que usar ISO1600 normalmente con esta cámara podría disparar a ISO500
Además, no tendría que mostrar las imágenes resultantes para obtener un aumento de nitidez similar al que obtiene con una cámara Sigma Foveon.
Si realiza una conversión IR profunda (880 nm o menos), pierde la información de color de todos modos, por lo que no tiene nada que perder al eliminar el CFA.