CF (Compact Flash) utiliza la interfaz IDE, idéntica a los discos duros IDE internos. He visto modificaciones de equipos que usan CF para trabajar con HDD, y así es como funcionan los adaptadores de disco duro internos basados en CF (puede comprar uno por muy barato para enchufarlo en una de sus ranuras de HDD, para acelerar el acceso al disco. Es esencialmente solo cableado, no se requiere electrónica). Teniendo en cuenta eso, me imagino modificando una cámara basada en CF para que funcione con un disco externo.
SD es una historia diferente, ya que implementa una interfaz completamente diferente. Creo que hay adaptadores SD a CF que le permitirán usar una tarjeta SD en un dispositivo CF, pero soy escéptico de que exista la conversión inversa. Entonces, con una cámara basada en SD, su única solución parece ser la captura de imágenes con EOS Utility.