Probablemente no importa mucho.
La computadora tiene una ventaja porque puede aportar más potencia de procesador. Puede utilizar algoritmos más sofisticados, incluida la adaptación del correcto para cada imagen. (Y, como señala Matt Grum, tiene una versión más grande disponible si cambia de opinión. Esta es probablemente la razón más convincente para seguir esta ruta; es difícil adivinar sus necesidades futuras).
Sin embargo, la conversión en el dispositivo puede tener otras ventajas, dependiendo de cómo se implemente. Primero, puede reducir su tamaño en los datos sin procesar del sensor en lugar de trabajar en un JPEG ya convertido. Eso evita guardar en JPEG más de una vez (lo que, dado que está descartando detalles, no es tan importante en este caso), y permite que la cámara reduzca el tamaño como parte del deshumedecimiento de Bayer. Esto podría dar una mejora de calidad menor. En segundo lugar, el sensor puede hacer una agrupación de píxeles a nivel de hardware, lo que disminuye el ruido de lectura cuando se dispara a una resolución más baja.
Pero esas ventajas dependen mucho de la implementación. Creo que lo mejor es tomar algunas imágenes y compararlas. Si no puede notar la diferencia, elija lo que sea más fácil. (O tome el consejo de almacenar las versiones más grandes en algún lugar después de todo, por si acaso).