El material en la grava puede ser una fuente de bacterias anaerobias y amoníaco / nitrógeno si dejas que se acumule demasiado, por lo que definitivamente es una buena idea deshacerse de él. Se descompondrá un poco por sí solo, pero casi todos los tanques con animales producirán desechos más rápido de lo que lo eliminen.
Sin embargo, recomendaría usar un sifón de grava en lugar de simplemente agitar al azar: de esa manera, eliminará los desechos inmediatamente en lugar de mezclarlos en la columna de agua. (Y haciendo su cambio de agua). De todos modos, necesitaría extraer cualquiera de los sólidos / partículas más densos, ya que es probable que se asienten antes de que cualquier filtración mecánica pueda atraparlos.
La limpieza del sustrato es especialmente importante si tiene un filtro de bajo nivel. Esos arrastrarán los desechos profundamente en la grava, y esos desechos comenzarán a bloquear el flujo de agua a medida que se acumula. Si empeora, las bacterias desnitrificantes en esos lugares morirán debido a la falta de alimentos (el amoníaco y los nitritos que desea que consuman) y oxígeno.