Deje que cada niño decida.
Cambié mi apellido cuando tenía diez años y mi madre se volvió a casar. Debo tomar la decisión yo mismo, y no creo haber tomado la decisión equivocada. Y no olvide considerar los nombres mismos en la decisión. Los nombres inusuales tienen su beneficio ya que obtienes menos confusiones, y los nombres deberían ser fáciles de pronunciar en muchos países (es decir, sin caracteres extraños y pocas "R").
Pero con respecto a su pregunta, el único inconveniente de tener un nombre diferente del resto de la familia es la confusión, la gente se pregunta por qué sus hijos tienen un apellido diferente. Creo que fue una gran parte de la decisión de mis hermanas mayores de cambiar, inicialmente mantuvo el antiguo nombre.
Aparte de eso, no hay ningún inconveniente particular en tener un apellido diferente al de sus padres, y el único inconveniente con un nombre con guión es que es largo y confunde a las personas que inventan los nombres de usuario en los sistemas informáticos de la compañía. :-) Aunque eso podría verse como un beneficio ... Los nombres con guiones también suenan elegantes.
Así que creo que puedes dejar que los niños tomen esa decisión ellos mismos. Al menos asumir que los nuevos nombres no terminan avergonzándolos. Tanto McDonald como Berger son buenos apellidos, pero McDonald-Berger es un poco desafortunado. :-)
También es bueno dejarles sentir que tienen control sobre sus propias vidas. Y si no están seguros, siempre pueden mantener sus nombres actuales por el momento y cambiarlos más tarde.