La respuesta corta es que MSTP en realidad usa una instancia especial además de las definidas por el usuario para manejar todo el tráfico de control de MSTP, llamada la instancia del árbol de expansión interno (IST0).
De: http://blog.ine.com/2010/02/22/understanding-mstp/
La implementación de IEEE 802.1s no envía BDPU para cada instancia de STP activa por separado, ni encapsula los mensajes de configuración de la lista de números de VLAN. En cambio, un número especial de instancia STP 0 llamado Internal Spanning Tree (IST aka MSTI0, Multiple Spanning Tree Instance 0) está designado para transportar toda la información relacionada con STP. Las BPDU para IST contienen toda la información estándar de estilo RSTP para el propio IST, así como también contienen campos informativos adicionales. Entre esos campos se encuentran el nombre de la configuración, el número de revisión y un valor hash calculado sobre las VLAN a los contenidos de la tabla de mapeo MSTI. El uso de solo estos conmutadores de información condensada puede detectar una configuración incorrecta en las asignaciones de VLAN al comparar el valor hash recibido del igual con el valor local.
Definitivamente deberías revisar el resto de ese libro blanco, es un gran recurso.