En mi humilde opinión, la mayor desventaja de OpenVPN es que no es interoperable con la gran mayoría de los productos de los proveedores de redes de "grandes nombres". Los productos de seguridad y enrutador de Cisco y Juniper no lo admiten: solo admiten IPsec y VPN SSL patentadas. Palo Alto, Fortinet, Check Point, etc., tampoco lo admiten. Entonces, si su organización / empresa quiere configurar una VPN extranet de sitio a sitio para otra compañía y solo tiene un dispositivo OpenVPN, probablemente no tendrá suerte.
Dicho esto, algunas compañías de hardware y software de red están comenzando a adoptar OpenVPN. MikroTik es uno de ellos. Ha sido compatible desde RouterOS 3.x:
http://wiki.mikrotik.com/wiki/OpenVPN
Además, durante mucho tiempo, la única forma de ejecutar un cliente OpenVPN en iOS de Apple requirió jailbreak. Esto ya no es así:
https://itunes.apple.com/us/app/openvpn-connect/id590379981?mt=8
En general, la situación está mejorando. Sin embargo, sin que proveedores como Cisco y Juniper lo implementen en sus productos, no puedo ver que las grandes empresas lo adopten sin enfrentar problemas de interoperabilidad.