En mi caso, funcionó usando sudo
sudo bin/magento setup:upgrade
EDITAR 19/02/16
En realidad, la solución "sudo" es más una solución para los malos permisos / propiedad de los archivos Magento.
Si aún no tiene un propietario del sistema de archivos Magento, cree uno y agréguelo al grupo apache.
adduser magento
passwd magento
//CentOS
usermod -g apache magento
//Ubuntu
usermod -g www-data magento
//restart apache
//CentOS
service httpd restart
//Ubuntu
service apache2 restart
Ahora que tiene su usuario, puede establecer la propiedad y los permisos (con root o un usuario con sudo)
cd /var/www/html/magento2beta/magento2
find . -type d -exec chmod 770 {} \; && find . -type f -exec chmod 660 {} \; && chmod u+x bin/magento
//CentOS
chown -R magento:apache .
//Ubuntu
chown -R magento:www-data .
Cambiar al usuario de magento
su magento
Ahora debería poder ejecutar php bin / magento setup: upgrade o cualquier otro comando con su usuario de magento