Respuestas:
Los atributos de selección múltiple se pueden establecer como una lista separada por comas (o también una matriz) que contiene los identificadores de valor de atributo.
Entonces, primero tenemos que convertir los valores reales a los ID internos de Magento.
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();
Modificar la última línea del código anterior
$product->save();
con
$product->getResource()->saveAttribute($product, $attrCode);
Funciona