Joomla no carga CSS de arranque automáticamente, pero carga el JS. Si su plantilla utiliza el método estándar para cargar la cabeza de Joomla:
<jdoc:include type="head" />
Cargará los archivos mootools, jquery y bootstrap en este orden:
<script src="/media/system/js/mootools-core.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/core.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/caption.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/system/js/mootools-more.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/jquery-noconflict.js" type="text/javascript"></script>
<script src="/media/jui/js/bootstrap.min.js" type="text/javascript"></script>
No carga archivos CSS. Puede probarlo eliminando la línea de su archivo de plantilla y luego verificando qué archivos principales faltan.
La plantilla carga el CSS de arranque. Joomla (desde 2.5 creo) incluyó Bootstrap 2.x en sus archivos multimedia para facilitar el acceso. Protostar, por alguna razón, no llama a bootstrap desde los archivos multimedia. En cambio, han copiado y pegado todo el CSS de arranque en su archivo template.css. Otros marcos se llaman Bootstrap. Warp 7, por ejemplo, tiene una casilla de verificación para habilitar o deshabilitar Bootstrap.
Como el frontend y el backend tienen diferentes plantillas, Bootstrap se puede cargar o deshabilitar para uno y no para el otro. No hay dependencia si desea deshabilitar Bootstrap desde el frontend y no desde el backend.
Mi preferencia es Bootstrap 3, por lo que en varias plantillas personalizadas diferentes, descargué e incluí el bootstrap 3 css en mi encabezado de plantilla después de la línea del encabezado de joomla y dentro de mis etiquetas de encabezado de plantilla:
$document = JFactory::getDocument();
$document->setMetaData( 'viewport', 'width=device-width, initial-scale=1, minimum-scale=1' );
$document->addStyleSheet($this->baseurl.'/templates/'.$this->template.'/css/bootstrap.min.css');
El método es ligeramente diferente para frameworks como Warp 7. También puede cargar directamente desde la url de CDN bootstrap si lo prefiere.
Entonces Joomla no te obliga a usar Bootstrap ni ninguna versión de Bootstrap, al menos para el CSS. Podría usar otros marcos receptivos si lo desea. Todo está hecho en la plantilla. No hay necesidad de hacks o complementos.