Una solución de línea de comando:
1) Exporte su SVG a PNG con InkScape
2) Cambie el tamaño de esta imagen PNG al tamaño que desee con ImageMagick:
magick convert master.png -resize 16x16 16.png
magick convert master.png -resize 32x32 32.png
magick convert master.png -resize 48x48 48.png
3) Convierta las imágenes PNG a ICO:
magick convert 16.png 32.png 48.png icon.ico
4) Asegúrese de que su ICO contenga todo:
identify icon.ico
icon.ico[1] ICO 16x16 16x16+0+0 32-bit sRGB 21.2KB 0.000u 0:00.000
icon.ico[0] ICO 32x32 32x32+0+0 32-bit sRGB 21.2KB 0.000u 0:00.000
icon.ico[0] ICO 48x48 48x48+0+0 32-bit sRGB 21.2KB 0.000u 0:00.000