No estoy seguro acerca de su instancia exacta, pero a menudo he encontrado archivos PNG que se abren con negro u otro color en lugar de la transparencia. Esto normalmente se debe a que el archivo PNG usa colores indexados y tiene una paleta alfa en lugar de usar una máscara alfa completa en la imagen misma.
Básicamente, cuando normalmente guarda un archivo PNG, está utilizando color verdadero de 24 bits (8 bits por canal) más una máscara alfa que almacena la información de transparencia (básicamente otro canal de 8 bits). Cuando utiliza colores de paleta, indexa los colores como colores RGB de 24 bits y mantiene una máscara alfa de 8 bits separada.
Sin embargo, PNG también admite paletas alfa . Esto significa que cada uno de sus colores indexados se almacena como un color RGBA de 32 bits con los datos de transparencia incrustados en la paleta. Esto es poco común ya que es difícil de hacer de manera inteligente, y desafortunadamente no encaja con los modos de color de Photoshop. Entonces, cuando Photoshop lo abre, solo lee los componentes RGB de cada color indexado y no encuentra una máscara alfa, por lo que se pierden todos los datos de transparencia.
No recuerdo haber encontrado un archivo donde se aplica un color mate arbitrario a las regiones parcialmente transparentes, pero esto aún podría ser una variación del mismo problema.