Si importó un archivo GIF a GIMP, su problema es que su imagen está en modo indexado. En este modo, la mayoría de los filtros y las herramientas de color no funcionarán y aparecerán atenuados (hasta GIMP 2.8; espere noticias sobre este frente en GIMP 2.10).
Entonces, todo lo que tiene que hacer allí es ir a Image->Mode->RGB
, y se habilitará la entrada del menú Color a alfa.
No creo que eso resuelva su problema allí: Color to alpha es un complemento sofisticado para eliminar un color de manera que si la imagen se coloca sobre un fondo sólido con el mismo color que se eliminó, se verá exactamente como la imagen inicial nuevamente: para eso, no elimina solo los lugares donde ese color aparece en forma pura (digamos (0,0,255) verde), sino que hace que todos los colores que toman verde en su composición sean parcialmente transparentes.
Mi consejo sería utilizar la opción Seleccionar por color para seleccionar el color que desea hacer transparente. Si es un solo color indexado, en lugar de varios tonos, puede establecer el threshold
parámetro en 0; de lo contrario, experimente con los controles Threshold
y select by
hasta que marque todas las partes de la imagen que desea transparentes. Después de eso, solo realice Edit->Cut
(no olvide agregar un canal Alpha a su capa antes de hacerlo Layer->Transparency->Add Alpha Channel
) y exporte su imagen como un archivo GIF. No necesitará convertir a RGB y volver al modo indexado si solo desea agregar alfa y elegir este método; debería funcionar con la imagen en modo indexado.