Personalmente, considero que la herramienta de alineación es muy poco intuitiva. No puedo reproducir su escenario, y lo único que podría imaginar por el comportamiento que describe es si su capa objetivo tendría muchos detalles transparentes y sería difícil hacer clic en ella (como en una capa con texto con una fuente pequeña) ) Sin embargo, hacer clic repetidamente en la posición de la capa podría solucionarlo, así que no creo que sea su caso.
De lo contrario, lo que está describiendo es solo un error en el programa, que debe informarse en la herramienta http://bugzilla.gnome.org , para que los desarrolladores de GIMP puedan conocerlo y solucionarlo en una próxima versión.
Sin embargo, si detalla sus casos de uso para la herramienta, puedo intentar crear un script que sea útil para usted en este momento, aparte de la herramienta de alineación. Dicha secuencia de comandos requeriría que se elijan capas en el diálogo de capa, en su lugar directamente en el lienzo, pero funcionaría.