¿Puedes? Seguro que puede. Deberías? Probablemente no, pero depende mucho de la obra de arte y de la versión de PDF que guarde.
Al guardar en PDF, puede encontrar que las configuraciones de apariencia más avanzadas se pueden acoplar. Los archivos PDF no se vinculan a los activos, incrustan todo, por lo que las imágenes colocadas se incrustarán en todo momento. También puede encontrar que los objetos tipo se pueden convertir en contornos. Si estos problemas afectan o no a su trabajo, solo usted puede decidir.
Aquí está la cosa, si guarda un archivo de Illustrator con la configuración predeterminada intacta (compatibilidad con PDF activada), en realidad guarda 2 archivos: el .ai y un .pdf en el mismo contenedor. Simplemente puede abrir archivos .ai en Acrobat. Si guarda un PDF con "Mantener capacidades de edición de Illustrator" marcadas, esencialmente invierte la prioridad de los dos tipos de archivos y los configura en .pdf y luego en .ai. Entonces todavía tiene dos tipos de archivos pero ahora en un contenedor .pdf.
El problema con los dos tipos de archivos es que si hubiera un problema con el archivo, lo primero que hará la aplicación (AI o Acrobat) para intentar reparar un archivo es eliminar cualquier información de archivo no prioritaria. Entonces, por ejemplo, digamos que guarda todo como un .pdf. Luego, por alguna razón, un archivo se daña. Intenta abrirlo en Illustrator, puede terminar obteniendo solo los datos PDF y perdiendo todos los datos nativos de AI ya que los datos PDF se configuran como datos primarios. Nuevamente, si esto es un problema o no, solo usted puede determinarlo en función de su obra de arte.
Yo, personalmente, nunca confiaría en el formato PDF para retener todo lo que hago en Illustrator. Sin mencionar el hecho de que los activos vinculados no existen en un PDF, todo está incrustado.
Honestamente, una mejor gestión de archivos ayudará mucho. De forma similar a como tendría un archivo de Photoshop en capas y luego enviaba a los clientes jpgs, nunca editaría el jpg. Usar Illustrator de esta manera ayuda mucho. Siempre regrese al archivo AI nativo. Cualquier archivo PDF guardado sería solo para entrega del cliente. Entonces, una vez enviado, puede archivarlos o incluso simplemente desechar los archivos PDF y retener solo el archivo de Illustrator.
Si bien el formato PDF ha recorrido un largo camino, nunca fue pensado como un formato de edición, por lo que a menudo cambiará los objetos para garantizar una salida adecuada en lugar de una construcción de edición fácil. Si desea asegurarse de tener siempre archivos totalmente editables, realmente debe guardarlos en el formato de aplicación nativo.