Editar: a partir de Inkscape 0.91 , los marcadores toman el color del objeto. Ya no se necesitan extensiones ni soluciones alternativas.
Esta es una de las preguntas más frecuentes sobre Inkscape, por lo que solo citaré de su sitio :
¿Cómo cambio el color de los marcadores (p. Ej. Puntas de flecha)?
Por defecto, los marcadores son negros. Puede cambiar su color para que coincida con el color del trazo del objeto al que se aplica habilitando un efecto: Extensiones> Modificar ruta> Marcadores de color para que coincida con el trazo.
Sin embargo, este script es una herramienta externa de Python, por lo que puede que no tenga suerte si usa Inkscape en Windows o Mac OS X (que tiene Python, pero le falta alguna dependencia). En ese caso, no hay otra manera que editar la fuente SVG para los objetos. ¡Doloroso!
Esto debería cambiar en algún momento en el futuro, ya que es una de las características más solicitadas (vea este informe de error que recoge el progreso o la falta del mismo). Citando a uno de los desarrolladores (en 2008):
No hay duda de que este debería ser el comportamiento predeterminado, y es una de las características más solicitadas (error 165865). Pero se trata de que alguien se tome el tiempo para implementarlo.
y un testimonio de un usuario, en 2012:
El error original se informó en 2004 ... después de 8 años empiezo a creer que solo puedo hacer flechas negras