Spatialite podría ser interesante porque es rápido para uso local. Puede cargarlo directamente en la RAM de su máquina y es solo un archivo, por lo que es realmente portátil y compartible. Puede crear índices de árbol R en geometría.
Al igual que PostGIS, Spatialite sigue los estándares de OGC y muchas de sus funciones son similares a las de PostGIS y se pueden usar en SQL. También es "un [...] formato alternativo a los archivos de forma ESRI, que tienen varios problemas heredados (como tipos de almacenamiento y longitudes de nombres de columnas, etc.) " ( wiki PostGIS ).
El complemento rasterlite también es muy eficaz para gestionar datos ráster utilizando pirámides y compresión de imágenes. ( manual de usuario oficial de rasterlite )
PostGIS también es una buena opción, todo lo que necesita está ahí. Sería una mejor opción si sus datos fueran editados por muchos usuarios simultáneamente o si desea alojar grandes conjuntos de datos como OSM. Por cierto, osm2pgsql es una herramienta confiable para importar datos OSM en PostGIS.
Las ventajas (entre otras) de usar DB es que puede usar SQL para consultas y crear índices espaciales. Además, es relativamente fácil migrar capas entre Spatialite, PostGIS y el formato Shapefile para que pueda usar fácilmente una combinación de los tres.
ACTUALIZACIÓN 2019: Preferiría usar GeoPackage sobre Spatialite para una base de datos independiente de SQLite GIS