Tuve un problema similar, pero tenía AMBOS valores que quería convertir a sin datos y valores sin datos existentes en el ráster.
Vine a esta página en busca de ayuda, pero creo que hay una advertencia sobre los enfoques aquí. Los métodos de @underdark y @Micha solo parecen funcionar donde no hay valores sin datos existentes en el ráster.
Para evitar esto, debe convertir los valores sin datos y los valores que desea convertir en sin datos, a un número consistente. Entonces está bien usar el segundo paso de @underdark.
Para hacer esto, use la Caja de herramientas de procesamiento> Reclasificar valores de cuadrícula (SAGA) para convertir los valores y los valores sin datos a un número común (por ejemplo, -999), al mismo tiempo. Específicamente, utilice el método "rango" y especifique el rango. Luego, en reemplazar valores sin datos, elija este mismo valor (por ejemplo, -999). Desmarque reemplazar otros valores. Esto funciona para un cambio de valor único o cambios más complejos también.
Luego siga el método de @underdark y guarde el ráster usando Ráster> Conversión> Traducir y marque sin datos, ingresando el valor que usó (por ejemplo, -999).