Esto me dio un sinfín de horas de frustración, y las respuestas anteriores (incluso las de los comentarios) tampoco funcionaron para mí, pero encontré mi propia solución que funcionó.
Resulta que para hacer una intersección o un clip entre dos capas, deben guardarse en el disco con el mismo CRS . Entonces, incluso si parece que se superponen en QGIS, puede estar haciendo su propia transformación "sobre la marcha" para alinearlos.
Para solucionar esto, haga esto para cada capa:
- Haga clic derecho, Guardar como ...
- Establezca el formato en ESRI Shapefile, elija un nombre de archivo y elija un CRS que usará para todas las capas. Haga clic en Aceptar para guardar y cargar ese archivo.
- Repita para la otra capa, seleccionando el mismo CRS.
- Use la herramienta de recorte con las nuevas capas. Esto debería funcionar.
Si desea ver si la transformación 'On the Fly' es lo que le está causando problemas, haga esto:
- Vaya al menú Proyecto y haga clic en Propiedades del proyecto ...
- Vaya a la pestaña CRS
- Desmarque Habilitar la transformación CRS 'sobre la marcha' y haga clic en Aplicar , Aceptar
Si sus CRS no fueran iguales, las capas ya no deberían superponerse. Puede ver la posición de cualquiera de las capas haciendo clic derecho en la capa y yendo a Zoom a capa . Cuando carga los dos archivos con CRS idénticos, deben alinearse perfectamente.