En primer lugar, ¿estoy en lo cierto de que la imagen muestra una relación de polígono a punto? Si es así, debe asegurarse de que los polígonos se destaquen más y que coincidan visualmente con los enlaces. Sugeriría elegir un color de grupo (digamos azul), usar relleno de polígono azul claro, un borde azul oscuro (ayuda al ojo a resolver el borde del polígono) y azul medio para el enlace (asocia el enlace con el polígono).
No usaría el color para expresar los volúmenes de flujo en los enlaces como lo ha hecho anteriormente, probablemente estará demasiado ocupado con muchos enlaces, el ancho y la transparencia son las variables con las que jugar.
En segundo lugar, la esencia del problema es el volumen de datos, no es posible producir un gráfico simple de la red 1000+ sugerida ya que la visualización sería muy desordenada. Las dos sugerencias principales hasta ahora parecen ser unir bordes (visualización de árbol) o producir un gráfico donde desconectar las ubicaciones del espacio real en efecto crea más espacio para visualizar las conexiones (de la misma manera al perder ubicaciones verdaderas del famoso tubo). El mapa de Londres crea más 'espacio' en el centro de Londres para ayudar a visualizar las conexiones entre las estaciones de metro que están muy juntas). Ambos tienen valor, pero el gráfico tiene la desventaja obvia de que mientras visualiza la red, ha perdido las posiciones espaciales reales.
Una alternativa es hacer frente a la sobrecarga de datos dividiendo los datos en grupos. Si no hay grupos lógicos, los segmentos direccionales (N, NE, E, etc.) son una forma posible de hacerlo. Construiría una visualización donde todas las relaciones están atenuadas, al pasar el mouse los polígonos y enlaces relevantes aparecen en color negrita. Una subopción sería trabajar el mouseover a través de alternar clics o botones de capa de radio donde se podrían elegir múltiples secciones a la vez.
También podría producir una animación en la que los enlaces se muestren como bucles 3D y los segmentos no estén atenuados uno por uno con el punto de vista de la cámara cambiando para aprovechar al máximo el 3D (consulte http://senseable.mit.edu/obama/the_world. HTML que muestra lo que quiero decir con bucles y cambios en la vista de la cámara). Una vez que se muestra la animación, se podría permitir a los usuarios explorar el mapa libremente con botones de radio que controlan los segmentos o grupos de datos.
Esto no es tan complejo de lograr usando el cliente de Google Earth o API y kml, he blogueado sobre la producción de bucles aquí http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/09/loop-links-in-google-earth.html y recorridos aquí http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/08/creating-tours-howto-2-turning-elements.html . kml es bastante fácil de resolver http://code.google.com/apis/kml/documentation/ .
Si bien siempre me preocupa que las visualizaciones 'llamativas' sean inteligentes pero ineficaces, sospecho que funcionará y la ventaja es que la animación 3D impresionará a la mayoría de los clientes.