Respuestas:
El siguiente texto citado proviene de una publicación de blog eliminada en infogeoblog.wordpress.com que se llamó Geo-Processing en QGIS .
Dadas dos formas de entrada:
Clip crea una nueva forma basada en el área de la capa de entrada que se superpone con la capa de recorte. Es similar a la intersección pero difiere en que los atributos de la capa elegida solo se copian a la nueva entidad. Es similar a la función Erase Outside de MapInfo.
La diferencia crea una nueva característica basada en el área de la capa de entrada que no se superpone con la capa de recorte. Es similar a la función de borrado de MapInfo.
Básicamente, Clip mantiene el área del "clip" que se superpone al "clipper", mientras que Diferencia mantiene el área del "clip" que no se superpone al "clipper". Utilizo los mismos términos para mayor claridad a pesar de que no estamos recortando per se con la herramienta Diferencia.
Nota al margen , la diferencia en QGIS es equivalente a Borrar en ArcGIS también.