Postgres todo el camino como han dicho otros, sin embargo, si desea mantenerlo portátil y fácil de mover, siempre puede mirar usando SQLite + la extensión Spatialite.
No es tan fácil de usar como Postgres en términos de herramientas de gestión, pero QGis PUEDE comunicarse directamente con una base de datos GIS habilitada para espacializar sin ningún problema.
De hecho, uso SQLite + Spatialite para la copia de seguridad, tengo un servicio de Windows que se ejecuta en segundo plano (personalizado) que monitorea mi instancia de PGSql y refleja mis datos SIG en varios DB de SQLite que residen en unidades USB externas.
Un consejo más con PG también, usa esquemas
Mucha gente que conozco simplemente deja todo en "público" y termina, pero si organizas tu base de datos correctamente, hace la diferencia.
Por ejemplo, mi base de datos "Ordnance_Survey" tiene esquemas para VectormapDistrict VectormapLocal Topo50 LookupGrids CodePointWithPolygons CodePointOpen
donde guardo todos los datos asociados.
Mientras tanto, las tablas de metadatos, como las columnas de geometría, etc., solo viven en Public, la extensión Postgis también solo está habilitada en el esquema público, pero es accesible desde todos los otros esquemas en uso.