Estoy usando ArcGIS Desktop 10.0.
Tengo un truco para eliminar los agujeros de rosquilla, que es convertir el polígono en línea y luego crear un polígono a partir de las líneas y, al final, fusionarlas todas. El inconveniente de esta estrategia es que elimina otros agujeros y áreas vacías que en realidad están vacías y deben mantenerse vacías. Ver imagen a continuación: