Bueno, esta podría ser una gran discusión, intentaré darle algunos puntos rápidos en pocas palabras. Puede comparar el software en su lista desde el punto de vista del árbol:
1) Actuaciones
Aquí el punto de referencia ya sugerido será tu mejor amigo, al menos para WMS
2) Servicios ofrecidos
En general, puede considerar qué servicios se ofrecen desde el software: estos servicios pueden cumplir con los estándares web de OGC (WMS, WFS, WCS, WPS, SOS, OCS ...) o no.
GeoServer ofrece de forma nativa WMS, WCS y WFS (para los dos últimos es la implementación de referencia). También puede brindar soporte para WPS con una extensión.
MapServer ofrece WMS, WFS, WCS y SOS, pero con respecto a GeoServer carece de las características transaccionales para WFS (WFS-T). Con respecto a GeoServer, en muchos casos tiene menos sobrecarga de arquitectura (ya que funciona con Apache httpd) y tiene una gran lista de formatos de datos compatibles a través de GDAL / OGR. Carece de una buena interfaz web de administración (como en GeoServer), pero los archivos de mapas se pueden modificar y personalizar fácilmente a través de la shell o la API de Mapscript.
Mapnik es una biblioteca potente que se puede utilizar como WMS (y de acuerdo con los últimos puntos de referencia en FOSS4G 2010, su rendimiento es impresionante).
Hay otros softwares bien conocidos que proporcionan implementaciones para WPS (pyWPS, ZooProject, 52n WPS), para OCS (GeoNetwork) y otros más.
Si considera MapFish, posiblemente necesite agregar la lista GeoDjango y FeatureServer que ofrece una implementación no estándar de los servicios web SIG. GeoNode es un intento genial de web2.0fy un SDI (es decir, con etiqueta y cosas sociales).
También eche un vistazo al nuevo chico en el bloque: TileMill, que se basa principalmente en Mapnik, y está construido en el marco de node.js
3) arquitectura
GeoServer y GeoNetwork están basados en Java (por lo que requieren un motor de servlet como Tomcat).
MapServer y Mapnik están basados en C, y funcionan bien en Apache httpd.
Todos los demás softwares se basan principalmente en Python usando diferentes marcos: MapFish usa Pylons, GeoDjango y GeoNode usa Django, FeatureServer y pyWPS están en Python puro. Todos pueden ejecutarse en httpd a través de modPython o WSGI o como CGI.
Tenga en cuenta que casi todo este software se basa en la biblioteca ubiquos GDAL (a menudo incluso se encuentra en software propietario).