Para reducir su documento de ArcMap, ejecute la herramienta de desfragmentación de documentos que se encuentra en la carpeta de instalación de ArcGIS: C: \ Archivos de programa (x86) \ ArcGIS \ Desktop10.1 \ Tools. También existe en 10.0 también. No estoy seguro si existe en 9.31. Ha pasado mucho tiempo desde que usé esa versión.
Como se mencionó anteriormente, el historial de geoprocesamiento puede causar que los resultados de la tarea GP en 10.1 puedan hacer que los mxds se disparen, y esto fue un error durante la versión beta de 10.1.
Estoy de acuerdo en que la definición de simbología de capa puede afectar el tamaño del archivo. Yo mismo he visto que una capa realmente compleja puede aumentar el tamaño del archivo.
Desde support.esri.com:
Los documentos de mapa (archivos .mxd) son archivos compuestos. La información que describe el mapa, el diseño y cualquier objeto incrustado guardado en el mapa se organiza en unidades llamadas almacenamientos y transmisiones. Cuando guarda un archivo compuesto, las secuencias pueden fragmentarse en un proceso que es análogo a la fragmentación del disco duro. Esto puede agrandar el documento del mapa, aunque no aumenta la probabilidad de que el documento se corrompa. Cuantas más veces guarde un mapa, mayores serán las posibilidades de que la fragmentación agrande el documento.
También puede encontrar información aquí: http://support.esri.com/en/knowledgebase/techarticles/detail/33187
Espero que esto te ayude.