PostGIS . La documentación de Geoserver tiene el siguiente comentario :
"Los archivos de forma son un formato muy común para los datos geoespaciales. Pero si está ejecutando GeoServer en un entorno de producción, es mejor usar una base de datos espacial como PostGIS. Esto es esencial si se realizan transacciones (WFS-T). La mayoría de las bases de datos espaciales proporcionan herramientas de conversión de archivos shape. Aunque existen muchas opciones para bases de datos espaciales (consulte la sección Trabajar con bases de datos), se recomienda PostGIS. Oracle, DB2 y ArcSDE también son compatibles ".
Esta no es toda la historia; incluso si no te importa WFS, todo, desde la clasificación nativa hasta la capacidad de crear y publicar vistas PgSQL, rendimiento de consultas, seguridad de datos, almacenamiento ... solo usa PostGIS.