Hola
Lo importaría primero a PostGIS. Hay herramientas para cargar múltiples formas en tablas individuales. QGIS spit extension es uno. El nuevo gráfico shp2pgsql en troncales PostGIS o binarios experimentales es otra alternativa. O simplemente podría escribir un script por lotes con shp2pgsql.
Comenzaría allí, importaría todo a un esquema llamado original o algo así. Entonces, a partir de eso, estructuraría los datos. Fusionarse en tablas donde sea adecuado, etc.
Lo bueno de hacerlo así es que si guarda todas las consultas que usa para hacer esas transformaciones, tiene una excelente documentación sobre el historial de sus datos. También es muy fácil rehacerlo si es necesario. Una vez que esté listo con su trabajo de organización, descarga una copia de seguridad de su esquema "original" y la guarda en algún lugar.
Creo que esta es una forma estructurada y limpia de hacerlo. Y como se dijo anteriormente, obtendrá una documentación muy sólida de qué campo cambió de nombre a qué nombre nuevo, y qué tablas originales se fusionaron en ese gran nuevo y así sucesivamente.
En FME y software como ese, por supuesto, también puede guardar lo que ha hecho, pero además de ser muy lento en comparación con las consultas internas de la base de datos, no es esa forma universal de documentar lo que se hace como consultas sql. Serán utilizables y legibles siempre que haya archivos de texto y bases de datos relacionales.
Solía terminar con archivos de texto parecidos a:
-- A query to merge all roads in Norway
Create table road_tables.all_roads as
SELECT id as roadid, status, the_geom from original.big_roads
union all
SELECT rid as roadid, condition as status, the_geom from original.small_roads;
y así. Este archivo guardado como texto tiene un gran valor después de unos años.
Saludos Nicklas