Respuestas:
Primero los 'apilaría':
gdalbuildvrt -separate -input_file_list my_files.txt my.vrt
donde my_files contiene una lista de los archivos que desea usar, en el orden específico. Luego recorte con gdal_translate:
gdal_translate -projwin ulx uly lrx lry my.vrt my.tif
Usaría gdal_translate y gdal_merge.py:
Traduzca las imágenes para recortarlas (subconjústelas) usando gdal_translate. Puede usar un script bash para automatizar. Algo en la línea de abajo.
for f in *.tif;do gdal_translate -projwin ulx uly lrx lry "$f" "$f".cropped.tif ; done
Use gdal_merge.py para 'apilar' las imágenes. Aquí no estamos controlando explícitamente el orden de la pila. Creo que estos se acumularán alfanuméricamente en orden ascendente (0-9, luego az).
gdal_merge.py -separate -o myoutput.tif *.cropped.tif
Usé -o myoutput.tif porque no sé si myoutput.vrt funcionará con gdal_merge.py. Supongo que lo haría, ya que es un formato compatible con GDAL, pero nunca lo he probado.