La respuesta de @cavila es solo una parte de la solución. Puede colocar la etiqueta div para el gráfico en la ventana emergente, pero el problema surge porque necesitará escuchar el evento ".openPopup ()" para que se ejecute el javascript de raphy-carts. Si no lo hace en ese evento, cuando se ejecute no encontrará la etiqueta div porque no se ha insertado en el DOM. Parece que el folleto admite la escucha de eventos, por lo que deberá agregar algo como esto al código anterior:
map.on('popup', function(e) {
//Run the chart code here like this
var chart = new Charts.LineChart('chart1');
chart.add_line({
data: [[1, 828906, {tooltip: "my special point"}],[2, 566933],[3, 584150],[4,
1072143],[5, 1622455],[6, 2466746],[7, 2427789]]
});
chart.draw();
});