Debe seguir absolutamente los pasos proporcionados por Esri para aplicar cambios de esquema a sus conjuntos de réplica. Usar sus herramientas es el camino a seguir (y, por supuesto, ¡es compatible!). Esri tiene un flujo de trabajo bastante bueno y bien documentado para aplicar cambios de esquema a ambas réplicas en el conjunto sin dañar sus réplicas. Siga sus flujos de trabajo y debería estar bien.
Definir sus cambios en Python también es una opción, pero no estoy seguro de cuán universal podría ser su secuencia de comandos para propagar cualquier tipo de cambio de esquema a ambas réplicas de manera adecuada. Una posibilidad es escribir un script de Python y la herramienta GP correspondiente para cada tipo de cambio de esquema que anticipa que podría ocurrir (por ejemplo, agregar un campo, eliminar un campo, agregar un dominio, modificar un subtipo).
Por último, no puedo decir por lo que escribió si está considerando realizar cambios de esquema en su conjunto de réplicas utilizando herramientas que no son de Esri. Si ese es el caso, solo puedo imaginar que se está refiriendo a las herramientas RDBMS. Recomiendo encarecidamente no seguir este camino a menos que sea un experto en replicación y versiones. Realizar cambios en la tabla base, por ejemplo, utilizando herramientas RDBMS pero no en las tablas A, D, S y F correspondientes, puede tener profundos efectos negativos en su base de datos y en ArcSDE en general. Como mínimo, dañará las clases de objetos modificados en ArcSDE. En el peor de los casos, es posible que se encuentre en una situación en la que su geodatabase sea irrecuperable. Espero que no estés pensando en seguir este camino, pero quería cubrirlo por si acaso.