No podría decirlo para Android, pero he podido hacerlo para iOS.
Lo que debe tener en cuenta es que spaceialite requiere que las bibliotecas nativas de GEOS y PROJ4 funcionen correctamente (para índices espaciales), por lo que también deben compilarse.
La versión de sqlite requerida por spaceialite también puede ser diferente de la que se distribuye en la plataforma (este es el caso en iOS: la versión sqlite es demasiado antigua para ser utilizada directamente por spaceialite), por eso es la forma correcta de hacerlo es obtener la versión de "fusión" de spaceialite (que también encapsula sqlite) y compilar a partir de eso.
http://www.gaia-gis.it/spatialite/sources.html
Hay un breve aviso en el sitio de spaceialite con información sobre cómo construir spaceialite:
http://www.gaia-gis.it/spatialite/how_to_build_libspatialite.html
Para GEOS y PROJ4, debería poder compilarlos fácilmente a partir de los scripts entregados con el proyecto. Sin embargo, por mi parte, incluso si la compilación funcionó bien con los scripts, tuve algunos efectos secundarios en tiempo de ejecución con doble tipo (algunos eran NaN), por lo que los compilé directamente en XCode (el entorno de desarrollo de iOS) y el comportamiento en tiempo de ejecución fue OK entonces.