Digamos que Raster1 es el correcto, y Raster2 es el que sospecha que tiene fallas.
Ambos también están en las mismas unidades (dado que usted dice que ambos rásteres son DEM, el valor z debe estar en metros; supongo que estamos en lo correcto y comparamos las mismas cosas)
Puede usar rast calc de cualquier paquete (qgis, grass, saga) para compararlos, por ejemplo:
deviation_rast = abs( (raster1 - raster2) / raster1 * 100 )
cada celda del ráster resultante mostrará el porcentaje que ráster2 se desvía del ráster1.
Después de eso, puede reclasificar deviation_rast en función de sus necesidades: por ejemplo
red -> deviation_rast_value > 75
orange -> deviation_rast_value > 50
yellow -> deviation_rast_value > 25
green -> deviation_rast_value > 0
para identificar áreas problemáticas y elegir si desea intervenir o no