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Seguimiento con algunas otras aplicaciones web no comerciales que la gente ha estado desarrollando:
El software abierto TerraView ( http://www.dpi.inpe.br/terraview_eng/index.php ) tiene un método de regionalización llamado SKATER. Su descripción se puede encontrar aquí:
Assunção, Renato M., y col. "Técnicas de regionalización eficientes para unidades geográficas socioeconómicas que utilizan árboles de expansión mínima". Revista Internacional de Ciencias de la Información Geográfica 20.7 (2006): 797-811. Disponible en: http://www.dpi.inpe.br/gilberto/papers/assuncao_neves_camara_ijgis.pdf
El mismo método también está disponible en el paquete Python regionskate
( pypi , github ).
La biblioteca PySAL de Python admite la regionalización . Utiliza el algoritmo max-p que no obliga al usuario a especificar a priori el número de regiones (que suele ser el caso en otros métodos).
La AZTool de David Martin (Universidad de Southampton) es otra opción. El software tiene una metodología sólida detrás y supongo que puede manejar grandes conjuntos de datos ya que se ha utilizado:
... by the Office for National Statistics (ONS) to create the 2001 Census output geographies for England and Wales
NCRM tiene algunos recursos de aprendizaje en línea que cubren el tema.