No probado, pero podría usar un CRS proyectado para hacer su cuadrícula y luego desproyectar el archivo de forma resultante a lat / lon geográfico. Sin embargo, esto distorsionará los hexágonos.
En mi parte del mundo (aproximadamente 1 grado W, 51 grados N) 50 metros en el suelo equivalen aproximadamente a 0,0004530 de un grado de latitud. 50 metros en el suelo también son aproximadamente equivalentes a 0.0007170 de un grado de longitud. Utilizando estos valores con el complemento mmqgis fue posible crear una forma de cuadrícula hexagonal lat / lon WGS84.
La imagen adjunta muestra dicha cuadrícula, en una imagen de mapa proyectada que está muy distorsionada como consecuencia de ser reproyectada sobre la marcha a EPSG: 4326.
Pero no confiaría en semejante grilla en la medida de lo posible. Para lo que vale, mi sugerencia sería que, si es posible, cambie su CRS del proyecto a uno proyectado y use el complemento mmqgis para hacer su cuadrícula hexagonal usando unidades de distancia.
Mella.