Sí, puede habilitar las herramientas de digitalización avanzada mientras edita. Cuando está habilitado, hay una función activa que ajusta los vértices seleccionados al ángulo común más cercano. Puede abrir las herramientas avanzadas desde la barra de menú:
View > Panels > Advanced Digitizing Panel
Haga clic en el ícono más a la izquierda para asegurarse de que esté activado y establezca el ángulo de ajuste común:

Luego use la herramienta Nodo (o la herramienta Vértice si usa QGIS 3.0), seleccione los vértices y mueva el cursor verticalmente mientras permanece cerca del ángulo de 90 grados:

Puedes hacer lo mismo horizontalmente:

Nota: la capa debe estar en un CRS proyectado para usar la Herramienta de digitalización avanzada .
Probado en QGIS 3.0 para Win7 de 64 bits.