QGIS 2.x nunca tuvo una opción para exportar como un pdf en capas. En cambio, hubo una solución engorrosa, que implicaba exportar como un archivo svg, importar a Scribus y agregar manualmente características individuales a capas separadas. Todo lo que se cubre en esta pregunta: ¿QGIS puede preservar las capas al exportar a PDF?
¿Existe una manera más eficiente de crear un pdf en capas en QGIS 3.0?